ایران در نوامبر سال ۱۹۹۲(م) استقلال ازبکستان را به رسمیت شناخت. ازبکستان در سال ۱۹۹۵(م) یعنی ۴ سال پس از استقلال خود در تهران سفارتخانه افتتاح کرد. مناسبات ایران با این کشور آسیای میانه همواره با تنش و چالش همراه بوده است. ادعاها و سو ظن ارتباط ایران با اسلام گراهای ازبکستان و تاثیر بازیگران خارجی بر سیاست خارجی ازبکستان و کم و کیف مناسبات ایران با برخی کشورهای همسایه ازبکستان، سبب بروز سردی در روابط تهران و تاشکند شده بود. به‌گونه‌ای که ازبکستان تنها کشور اتحاد شوروی سابق بود که در سال ۱۹۹۵(م) از تحریم کنگره‌ی آمریکا علیه ایران به صورت علنی پشتیبانی کرد.

یکی از مهم‌ترین عوامل سردی روابط ازبکستان با ایران، همکاری ایران در احداث نیروگاه‌های برق تاجیکستان بود؛ زیرا این کشور بیم آن داشت که با احداث نیروگاه‌های برق در تاجیکستان، با بحران کمبود آب مواجه شود. در سال ۲۰۱۰ صدها واگن تاجیکستان در قلمرو ازبکستان توقیف شدند و به دنبال آن قیمت مواد غذایی و مصالح ساختمانی در تاجیکستان به شدت بالا رفت و بسیاری از کارخانه‌های تاجیکستان به حالت نیمه‌تعطیل درآمدند.

در پی آن جمهوری اسلامی ایران به ازبکستان هشدار داد که در صورت ادامه این محدودیت‌ها، ایران تدابیر مشابهی علیه قطارهای ازبکستان به کار خواهد گرفت. لذا پس از مدتی کوتاه این مشکل حل شد. در این میان در دوره پسا کريمف احتمال بهبود روابط ایران و ازبکستان پس از انتخاب رئیس جمهور جدید این کشور وجود دارد البته مشروط به آنکه دو طرف از فرصت جدید پیش آمده در راستای تقویت اعتماد متقابل استفاده بهينه کنند.